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新疆除拥有优良的牛、马、羊、骆驼等家畜外，还有近700种脊椎野生动物，其中鱼类85种、两栖类7种、爬行类45种、鸟类425种、兽类(哺乳类)137种约占全国脊椎野生动物种类的11%。珍稀动物有高鼻羚羊、黑鹳、白肩雕等。鸟类、兽类和爬行类动物类分别占中国的35.8%、33%和14.2%。新疆有许多国际濒危野生动物，如普氏野马、藏野驴、藏羚羊、雪豹、棕熊、白肩雕、藏雪鸡等。也有一些是我国仅分布于新疆的特有动物，如四爪陆龟、新疆北鲵、塔里木兔、新疆大头鱼等。新疆还有无脊椎动物约1.5万种，以昆虫类为多，已知的有7000-8000余种。目前，新疆共有国家重点保护动物116种，约占全国保护动物的三分之一，其中列为一级保护的有28种，列为二级保护的88种。
野生植物已查明的有132科、856属、3569种，其中已证明有经济和药用价值的有罗布麻、橡胶草、阿魏、贝母、枸杞、甘草、雪莲等1000多种，稀有种约100种，列为国家保护的有野苹果、西伯利亚巨杉、胡杨等20余种。
